El artículo 82 de la LOU establece que las Comunidades Autónomas establecerán las normas y procedimientos para el desarrollo y ejecución del presupuesto de las Universidades, así como para el control de las inversiones, gastos e ingresos de aquéllas, mediante las correspondientes técnicas de auditoría, bajo la supervisión de los Consejos Sociales. Será legislación supletoria en esta materia la normativa que, con caracter general, sea de aplicación al sector público.

En cuanto a lo previsto sobre control interno, en los Estatutos de la Universidad de Cádiz, el artículo 229 determina lo siguiente:

1. El control interno es un proceso diseñado para conseguir los objetivos específicos de la Universidad de Cádiz, que incumbe a todo el personal de la organización. La Universidad de Cádiz asegurará el control interno de sus ingresos y gastos y organizará sus cuentas según los principios de una contabilidad presupuestaria, patrimonial y analítica. Asimismo, garantizará una gestión transparente de los recursos.

2. El control interno será realizado por una unidad administrativa que desarrollará sus funciones, preferentemente con técnicas de auditoría, con dependencia directa del Rector, tanto orgánica como funcional.